Se você se deparou com um problema de que os arquivos que estavam na raiz do seu pendrive sumiram e apareceram apenas link para os arquivos, não se preocupe, faça o seguinte:

1º Passo

Acesse Meu Computador e clique com o botão direito em cima da Unidade correspondente ao pendrive (e:\, f:\, g:\), verifique o tamanho ocupado.

2º Passo

Agora entre na unidade clicando duas vezes em cima da unidade em questão.

Selecione todos os arquivos clicando em cima de um arquivo e depois aperte o botão Ctrl juntamente com o botão A (Ctrl +A)

Clique com o botão direito do mouse e selecione Propriedades.

Veja qual o tamanho ocupado pelos arquivos, você verá que o tamanho não são iguais.

3º Passo

Clique em Iniciar -> digite cmd

Agora abrirá a tela de prompt de comandos.

Nesta tela digite a unidade que pretende acessar:

g:

Dentro desta unidade digite o comando abaixo:

G:\attrib -r -s -h -a /s /d

Todos os seus arquivos reaparecerão como um passe de mágica.

Abraços.