Primeiramente você deve verificar em qual dispositivo ele está identificando o erro, para isso abra o terminal e verifico o erro do sistema.

# tail -f /var/log/system.log

Pode ser um erro como este:

diskarbitrationd[19]: unable to probe /dev/disk1s2 (status code 0xFFFFFFFC).

Neste log você pode verificar que o dispositivo com erro é o /dev/disk1s2

Agora vamos ao processo de reparação do disco.

# diskutil list

Neste primeiro comando ele vai mostra todos os dispositivos conectados ao sistema.

# diskutil verifyVolume /dev/disk1s2

Irá verificar o volume, neste exemplo ele irá verificar o /dev/disk1s2, se o volume for diferente então é só substituir.

# diskutil repairVolume /dev/disk1s2

Neste comando ele vai reparar o volume, da mesma forma que o item anterior, se o volume for diferente, então é só substituir.

Abraços e viva o conhecimento livre!